利用轉錄組測序分析茄子萼片刺相關差異基因

摘要：為了發掘茄子萼片刺形成的相關基因,為茄子萼片刺形成的機理和基因定位奠定基礎,以萼片有刺和萼片無刺的2個自交系1607和1608為材料,構建了F2遺傳分離群體,利用新一代高通量測序手段對雙親和2個混池的轉錄組進行了測序分析。通過轉錄組分析,共獲得409363358個干凈的高通量序列,其中比對到參考基因組的序列共有311756616個,比對效率均大于75.00%。發掘24310個新基因,其中獲得注釋信息的新基因總數為1540個。對轉錄組測序獲得的全部基因表達量進行了分析,在雙親中共得到2438個差異表達基因,其中97個差異基因在2個混池中同時存在。通過對差異基因的注釋分析,富集到了可能與茄子萼片刺形成的相關的候選基因3個:SmCKX(Eggplant_newGene_1802)、SmSTS(Sme2.5_09750.1_g00002)和SmFAR(Eggplant_newGene_4241)。SmCKX是一個茄子細胞分裂素氧化酶/脫氫酶相關基因,與番茄的Solyc04g080820.2和Solyc04g080810.3,擬南芥的AtCKX6具有同源性。SmSTS是茄子水蘇糖合成酶相關的基因,與番茄的Solyc01g079300.3基因和擬南芥的AT4G01970.1基因同源性較高。SmFAR是一個脂肪酰輔酶A還原酶相關基因,與番茄Solyc11g067180.2基因(FARx相關基因)同源。以上同源基因參與了植物角質,小檗堿和蠟生物合成途徑、細胞分裂素合成途徑和水蘇糖代謝途徑,因此,茄子萼片刺的形成可能具有相同的代謝調控途徑。