中國荷斯坦牛TLR1基因SNPs快速篩查及蛋白功能預測

摘要：為探究中國荷斯坦牛Toll樣受體1(TLR1)基因與中國荷斯坦牛乳房炎抗性的關聯性,以中國荷斯坦牛為試驗對象,構建DNA混合池,采用PCR擴增和直接測序法對中國荷斯坦牛TLR1基因進行單核苷酸多態性(SNP)檢測,從而篩選出對中國荷斯坦牛免疫方面有顯著影響的SNPs位點,同時應用在線軟件對中國荷斯坦牛TLR1基因編碼的蛋白質進行功能預測。結果表明,中國荷斯坦牛TLR1基因編碼727個氨基酸,組成了一種不穩定的水溶性蛋白,蛋白質二、三級結構均以α-螺旋為主;PCR擴增后,在擴增片段處共發現8個SNPs位點,分別為A61T-TLR1、C632A-TLR1、C1408T-TLR1、C1451T-TLR1、A1461G-TLR1、A1475C-TLR1、G1550A-TLR1、G1596A-TLR1,其中A61T-TLR1、C632A-TLR1、C1408T-TLR1、A1461G-TLR1、G1596A-TLR1屬錯義突變,分別由原來的賴氨酸(Lys)、苯丙氨酸(Phe)、丙氨酸(Ala)、異亮氨酸(Ile)、纈氨酸(Val)突變為甲硫氨酸(Met)、亮氨酸(Leu)、纈氨酸(Val)、纈氨酸(Val)、異亮氨酸(Ile),SNPs位點的等位基因頻率在突變前后均存在差異。DNA池結合直接測序技術檢測到TLR1基因8個SNPs位點,可作為中國荷斯坦牛乳房炎的遺傳標記進行深入研究;蛋白質功能預測結果表明,有多種與免疫相關的因子幾率較高。本研究結果為中國荷斯坦牛在分子領域的抗病育種提供了理論依據。