16S擴增子技術研究海鮮樣本菌群結構組成

摘要：目的使用高通量測序方法探究海鮮樣本菌群組成,為基于宏基因組方法的食品潛在致病風險分析和病原體監測提供參考。方法對來自北戴河某海鮮市場的8種海鮮樣本進行16S擴增子測序,使用生物信息學方法對物種組成和微生物多樣性進行分析。結果北戴河不同類型海鮮樣品菌群結構均以變形菌門(Proteobacteria)、浮霉菌門(Planctomycetes)、柔膜菌門(Tenericutes)、擬桿菌門(Bacteroidetes)、梭桿菌門(Fusobacteria)、藍藻(Cyanobacteria)、疣微菌門(Verrucomicrobia)、放線菌門(Actinobacteria)和厚壁菌門(Firmicutes)為主,變形菌門的流行說明具有腐敗風險。樣本間優勢菌群存在差異,屬水平棲熱菌屬和假單胞菌屬的存在提示有致病的可能性。同源性序列比對檢測到副溶血弧菌并使用PCR驗證到2例副溶血弧菌陽性。結論該研究分析4種不同類型海鮮樣本的優勢菌群及可能的致病風險,并檢測到致病病原副溶血弧菌,可為防控北戴河地區食源性疾病暴發提供決策依據。