刨花潤楠SSR-PCR體系優化及天然種群遺傳多樣性研究

摘要：[目的]建立刨花潤楠SSR-PCR最佳反應體系,從樟科樹種SSR引物中篩選多態性高的引物,并對刨花潤楠遺傳多樣性進行分析。[HTH][方法]對影響PCR反應體系的5個因素設置7個水平,利用正交設計L 16 (4 5)進行優化,確定最佳體系,并用該體系從187對候選引物中進行引物篩選。利用軟件POPGENE1.32、PowerMarkerv3.25、FSTAT、GenAlex6.5、Structure2.3和POPTREE分別計算觀測等位基因數目(Na)、觀察雜合度(Ho)、期望雜合度(He)、多態性信息量( PIC )、基因流(Nm),進行群體遺傳結構分析和UPGMA法聚類分析。[結果]刨花潤楠最佳體系(20 μL)為: Taq 酶1.0 U、dNTPs 0.25 mmol·L -1 、Mg^ 2+ 1.25 mmol·L ^-1 、引物0.5 μmol·L^-1 、模板50 ng。最終篩選出12對具有多態性高的SSR引物。 Na、Ho、He和PIC 的平均值分別為15.083、0.576、0.751和0.722,表明種群具有較豐富的遺傳多樣性;Nm 平均值為1.500,種群間存在頻繁的基因交流;UPGMA將24個種源聚為3類,與Structure分析結果一致。[結論]本研究成功優化了刨花潤楠SSR-PCR反應體系,并獲得12對適用于刨花潤楠的SSR引物,刨花潤楠種群遺傳多樣性豐富,種群間存在頻繁的基因交流,24個種源可聚為3類。