基于轉錄組的劍麻ARF基因家族的鑒定及表達分析

摘要：生長素反應因子(AuxinResponseFactors,ARFs)是植物特有的多基因轉錄因子家族,參與植物生長發育過程的調節。本研究基于轉錄組數據,通過生物信息學方法鑒定劍麻ARF基因家族成員,同時對其進行相關生物信息學分析。結果表明:在劍麻中共鑒定得到15個ARF基因,并依次命名為AhARF1~15。其編碼的蛋白質含有409~1011個氨基酸,分子量約為45.17~112.13ku,等電點為5.17~9.34。亞細胞定位預測結果顯示,13個AhARFs定位于細胞核,2個AhARFs定位于葉綠體。保守結構域分析結果表明,AhARFs基因家族有8個成員同時含有B3、ARF和Aux/IAA這3個相對保守的結構域,其他成員僅含有B3和ARF這2個結構域。進化樹分析表明,劍麻AhARFs蛋白可分為5個亞家族。15個劍麻AhARFs基因在劍麻紫色卷葉病不同發病時期呈現不同的表達規律。本研究為進一步深入探索劍麻ARF基因家族的功能奠定了重要理論基礎。