河流型與沼澤型水牛CSN3基因密碼子使用特征分析

摘要：本研究以54頭河流型水牛和70頭沼澤型水牛為研究對象，并以從NCBI數(shù)據(jù)庫中下載的普通牛、野牦牛、野牛、綿羊、小鼠和人的序列作對照，對乳成分中重要的K-酪蛋白（kappacasein）編碼基因cs們的密碼子使用偏好性及水牛與其他物種間CSN3基因密碼子使用的差異和進化關系進行了深入分析。結(jié)果表明：兩種類型水牛CSN3基因密碼子使用特征相似，河流型水牛CSN3基因共有26個偏好使用的密碼子，而沼澤型水牛共有27個；其中，兩類水牛偏好性較強的密碼子均為GUU、UCA、AGU、CCA、AGG、GGU和GGA（RSCU≥2），河流型水牛對Asp的兩種密碼子GAU、GAC沒有使用偏好性，而沼澤型水牛偏好使用GAC；河流型水牛編碼Asp和Cys的同義密碼子RSCU值為1，而沼澤型水牛只有編碼Cys的同義密碼子RSCU值為1。研究發(fā)現(xiàn)，所有物種CSN3基因均偏好使用以A／U結(jié)尾的密碼子，但不同物種之間偏好使用密碼子種類和數(shù)目均有差異。在密碼子使用頻率上，水牛CSN3基因與其他牛科物種的差異小于與小鼠、人的差異。密碼子使用偏好聚類分析表明，河流型與沼澤型水牛親緣關系最近，聚為一類，然后依次與其他牛、綿羊、小鼠和人等物種相聚。