一株2013年云南省Ⅲ型疫苗相關脊髓灰質炎病毒全基因組分析

摘要：目的分析一株疫苗相關脊髓灰質炎病毒(vaccine-related poliovirus,VRPV)云南分離株R1351/YN/CHN/2013的全基因組序列和遺傳特性。方法采用RD細胞分離獲得病毒,提取病毒RNA,通過RT-PCR擴增全基因組序列并測序。利用BioEdit 7.09、MEGA7.0、SimPlot3.5.1等軟件對全基因序列進行分析。結果 R1351/YN/CHN/2013全基因序列由7 430個核苷酸構成,編碼含2 206個氨基酸殘基的多聚蛋白,5′UTR和3′UTR核苷酸長分別為742 nt和70 nt;與Sabin3疫苗株全基因核苷酸和氨基酸序列的同源性分別為99.7%和99.6%;在5′UTR的減毒位點(nt472)發生回復突變,在VP3減毒位點(nt2034)未發生改變;與Sabin3疫苗株的VP1序列比對,共發生3個堿基突變,變異率為0.33%。進化分析顯示73株Ⅲ型脊髓灰質炎病毒株分為A、B和C三個分支,R1351/YN/CHN/2013屬于C分支,Sabin1/2疫苗株獨立形成兩個分支。重組分析表明R1351/YN/CHN/2013基因組各區域并未與Sabin1/2疫苗株及其他腸道病毒發生重組。結論 R1351/YN/CHN/2013為Ⅲ型VRPV,并且在減毒位點nt472處發生了回復突變。