剛地弓形蟲表面抗原糖蛋白相關序列SRS47D的生物信息學分析

摘要：目的預測剛地弓形蟲表面抗原糖蛋白相關序列(Toxoplasma gondii surface antigen glycoprotein 1-related sequences)SRS47D的結構、修飾位點和免疫原性。方法利用在線軟件ProtParam、ProtScale、SignalP分別預測SRS47D的理化參數、親/疏水性、信號肽;利用SOPMA、ESPriit 3.0、Bcepred預測SRS47D蛋白的二級結構及表面可極性,利用COLIS、TMHMM預測其卷曲螺旋和跨膜結構域;利用KinasePhos、NetOGlyc、NetNGlyc、NetCGlyc、和NetPhos分析其修飾位點;利用SWISS-MODEL、VAST預測其三級結構及其與SAG1三級結構的差異,利用ABCpred和Syfpeithi預測其B、T細胞表位。結果 SRS47D蛋白含有376個氨基酸殘基,分子式為C1745H2797N469O587S17,相對分子質量約為40×103,理論等電點為4.96;疏水值為71.60,總平均親水性為-0.405。在SRS47D蛋白的二級結構中,α-螺旋、β-折疊、β-轉角、無規則卷曲所占比例分別為23.14%、19.68%、2.39%和54.79%。SRS47D蛋白具有信號肽序列,無跨膜結構區,具有18個親水區域(臨界值為1.9)、8個柔性區域(臨界值為2)和17個表面可及性區域(臨界值為1.9)。SRS47D蛋白翻譯后修飾位點中包含兩個糖原合成酶激酶位點和兩個O-GlcNAc糖基化位點,無N-GlcNAc和C-GlcNAc糖基化位點。與弓形蟲表面抗原糖蛋白1(SAG1)蛋白三級結構比對,SRS47D在β折疊處存在重疊。ABCpred和Syfpeith預測SRS47D蛋白有24個限制性CTL細胞表位、13個限制性Th細胞表位和10個B細胞抗原表位。結論 SRS47D蛋白含豐富的B、T細胞表位,免疫原性好,可能成為弓形蟲病疫苗候選分子。