2型豬鏈球菌葡萄糖胺-6-磷酸脫氨酶的生物信息學分析

摘要：目的利用生物信息學方法分析預測2型豬鏈球菌葡萄糖胺-6-磷酸脫氨酶(Glucosamine 6-phosphate deaminase,NagB)的性質、結構與功能等信息。方法利用DNAStar、ProtParam、PredictProtein、PSORT、SignalP、TMHMM、SOMPA、PROSITE、SWISS-MODEL、SYBYL-X和ClustalX等在線分析軟件對2型豬鏈球菌中的NagB理化性質、亞細胞定位、二級結構、三級結構及活性中心等進行分析。結果 NagB由378個氨基酸殘基構成,無信號肽及跨膜區,是穩定的親水性胞漿蛋白。二級結構以α螺旋和無規則卷曲為主分別占46.30%和32.28%,三級結構模擬顯示其為典型的二聚體結構,單體的活性中心可能由Ala52、Ser55、Arg106、Ser107、Ser110、Phe164、Met166、Glu242、Val364、Asn365、Arg366、Val367、Val368等多個核心氨基酸構成。結論生物信息學預測NagB含有2個SIS功能結構域(34-190aa;210-358aa),涉及磷酸糖的異構酶功能,NagB的特征信息為進一步研究其在S.suis 2生長增殖以及致病過程中可能發揮的作用奠定了基礎。