摘要：為探究冬蟲夏草轉錄組中簡單重復序列(simple sequence repeats,SSR)位點信息,開發冬蟲夏草SSR分子標記奠定基礎,該研究利用MISA(MicroSatellite)軟件對冬蟲夏草轉錄組拼接獲得的16 875 unigene進行SSR位點數據挖掘,并使用Primer 3. 0軟件設計引物。研究發現,冬蟲夏草轉錄組中4 252條unigene含有5 899個SSR位點,出現頻率為34. 99%,平均每7 952 bp出現1個SSR位點,以單核苷酸和三核苷酸重復為主,分別占總數的42. 5%,38. 48%。SSR序列中共包括74種基序類型,C/G和CCG/CGG是優勢重復單元。6種SSR重復類型的重復次數集中于5~12次,長度大多小于24 bp。通過引物設計軟件,共篩選得到12 282對引物,隨機挑選的20對引物用于有效性檢測,19對引物擴增出條帶,引物有效率為95%。10對引物擴增出清晰、可重復特異性條帶,其中引物P1具顯著多態性。此外,經GO與KEGG功能注釋后發現,含有SSR位點的unigene主要與遺傳和環境功能相關。上述結果表明冬蟲夏草轉錄組SSR位點出現頻率較高、基元類型豐富、多態性較高,具有較高的可用性,為其遺傳多樣性分析、資源鑒定保護、基因功能研究等方面提供了豐富的候選分子標記。
