基于高通量測序技術的魚類環境DNA研究中通用引物的篩選驗證

摘要：為了篩選出一個或多個適宜研究環境DNA(environmental DNA,eDNA)的魚類通用引物,本實驗選取了5對引物,分別對魚類線粒體細胞色素b(Cytochromeb,Cytb)基因、16SrDNA和細胞色素c氧化酶Ⅰ(COⅠ)基因部分片段進行擴增。在對兩個水樣eDNA進行擴增后發現,引物CY45M和1634M均擴增出目的條帶,且擴增產物質量適用于后續的高通量測序,而引物CYFM、16ACM和COⅠM均沒有擴增出目的條帶。繼續對另外7個水樣eDNA擴增后發現,引物CY45M和1634M在所有水樣eDNA中均取得良好的擴增效果。對目的產物進行IlluminaMiseq測序后發現,引物CY45M和1634M擴增產物注釋上的魚類物種均為11種,二者獲得的魚類種類既存在差異也存在重復。綜上所述,引物CY45M和1634M都可作為魚類群落結構eDNA研究的通用引物。